ፀረ-ተባይ መድኃኒቶች ዓለም አቀፍ የምግብ እጥረትን ለመፍታት እና በቬክተር የሚተላለፉ የሰው በሽታዎችን በመዋጋት ረገድ ወሳኝ ሚና ይጫወታሉ። ሆኖም፣ እየጨመረ የመጣው የፀረ-ተባይ መቋቋም ችግር ብዙም ጥቅም ላይ ያልዋሉ ኢላማዎችን የሚያነጣጥሩ አዳዲስ ውህዶችን በአስቸኳይ ማግኘትን ይጠይቃል። የነፍሳት ጊዜያዊ ተቀባይ አቅም (TRPV) ቻናሎች - ናንዞንግ (ናን) እና ንቁ ያልሆኑ (አይአቭ) - ሄትሮሎጎስ ቻናሎችን (ናን-አይአቭ) መፍጠር እና በነፍሳት ውስጥ ጂኦትሮፒዝምን፣ የመስማት እና የፕሮፕሪዮሴፕሽንን የሚያስታግሱ ሜካኖሴንሶሪ አካላትን አካባቢያዊ ማድረግ ይችላሉ። እንደ አፊዶፒሮሊዶን (ኤፒ) ያሉ አንዳንድ ፀረ-ተባይ መድኃኒቶች ናን-አይአቭን ባልታወቁ ዘዴዎች ኢላማ ማድረግ ይችላሉ። AP በመብሳት የሚጠቡ ነፍሳትን (ሄሚፕቴራንስ) ላይ ውጤታማ ሲሆን የክርን ተግባር በማስተጓጎል መመገብን ይከላከላል። AP ከናን ጋር ብቻ ሊጣበቅ ይችላል፣ ነገር ግን ናን-አይአቭ ብቻ ከኢንዶጅናል ኒኮቲናሚድ (NAM) ጨምሮ ከአግኖኒስቶች ጋር መስተጋብር መፍጠር ይችላል፣ በዚህም የቻናል እንቅስቃሴን ያሳያል። ናን-አይአቭ እንደ ፀረ-ተባይ ኢላማ ያለው አቅም ቢኖርም፣ ስለ ቻናል ስብሰባው፣ የቁጥጥር ማያያዣ ቦታዎቹ እና ስለ Ca2+ ጥገኛ ደንብ ብዙም የሚታወቅ ነገር የለም፣ ይህም ተጨማሪ የነፍሳት እድገትን ያደናቅፋል። በዚህ ጥናት፣ ክሪዮ-ኤሌክትሮን ማይክሮስኮፒ በሄሚፕቴራ ነፍሳት ውስጥ የናን-አይአቭን አወቃቀር ለማወቅ እንዲሁም በአንኪሪን ተደጋጋሚ ሳይቶፕላዝሚክ ጎራ (ARD) ድንበር ላይ ካለው AP እና NAM ጋር ለመወሰን ጥቅም ላይ ውሏል። በሚገርም ሁኔታ፣ የናን ፕሮቲን ራሱ ፔንታመር ሊፈጥር እንደሚችል ደርሰንበታል፣ ይህም በAP-mediated ARD መስተጋብሮች የተረጋጋ ነው። ይህ ጥናት በፀረ-ተባይ መድኃኒቶች እና በአግኖኒስቶች እና በናን-አይአቭ መካከል ያለውን ሞለኪውላዊ መስተጋብር ያሳያል፣ በሰርጥ ተግባር እና ስብሰባ ውስጥ የARDን አስፈላጊነት ያጎላል፣ እና የCa2+ ደንብ ዘዴን ይዳስሳል።
በዓለም አቀፍ ደረጃ እየጨመረ የመጣውን የአየር ንብረት ለውጥ ዳራ ስንመለከት፣ የዓለም የምግብ ዋስትና እየተባባሰ መምጣቱ በ21ኛው ክፍለ ዘመን ካሉት ዋና ዋና ተግዳሮቶች አንዱ ሲሆን ይህም በኅብረተሰቡ ላይ ከፍተኛ መዘዝ ያስከትላል።1,2የዓለም የጤና ድርጅት የምግብ ዋስትና እና የአመጋገብ ሁኔታ በዓለም አቀፍ ደረጃ 2023 (SOFI) ሪፖርት እንደሚያሳየው በዓለም ዙሪያ ወደ 2.33 ቢሊዮን የሚጠጉ ሰዎች ለረጅም ጊዜ የቆየ የምግብ ዋስትና ችግር አለባቸው፤ ይህም ችግር ነው።3,4በሚያሳዝን ሁኔታ፣ በየዓመቱ ከ20% እስከ 30% ወይም ከዚያ በላይ የሚሆነው የሰብል ምርት በተባይ እና በበሽታ አምጪ ተህዋሲያን እንደሚጠፋ የሚገመት ሲሆን፣ የዓለም ሙቀት መጨመር የተባይ መቋቋምን እና የሰብል ተጋላጭነትን እንደሚያባብስ ይጠበቃል።4፣5፣6፣7፣8የተባይ ማጥፊያ ልማት ሰብሎችን ከተባይ ለመከላከል እና በቬክተር የሚተላለፉ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ስርጭትን ለመቀነስ ብቻ ሳይሆን እንደ ዴንጊ ትኩሳት፣ ወባ እና ቻጋስ በሽታ ያሉ በቬክተር የሚተላለፉ የሰው በሽታዎችን ለመዋጋትም ወሳኝ ነው፣ እነዚህም ፀረ-ተባይ መድኃኒቶችን የመቋቋም አቅም እያሳደጉ ናቸው።5፣9፣10፣11
በኒውሮቶክሲክ ፀረ-ተባዮች ዋና ዋና ኢላማዎች መካከል፣ ሄትሮቴትራሜሪክ TRPV ቻናል ናንቹንግ (ናን)-ኢናክቲቭ (አይኤቭ) ባለፉት አስርት ዓመታት ውስጥ ብቻ የተገኙ የፀረ-ተባይ ኢላማዎችን ይወክላል፣ ይህም እንደ ኢሚዳክሎፕሪድ እና ፒራክሎስትሮቢን ያሉ ለንግድ የሚውሉ ፀረ-ተባዮችን ያካትታል።12፣13፣14ከፊል ሰው ሰራሽ ፀረ-ተባይ አፊዶፒሮሊፍን (ኤፒ) በቅርብ ጊዜ የተፈጠረ እና ለገበያ የቀረበ ምርት ሲሆን ዋናው ንጥረ ነገር ንቁ ፀረ-ተባይ ኢንስካሊስ® ሲሆን APን በንዑስ ናኖሞላር እንቅስቃሴ ደረጃ ያገናኛል።15ኤፒ ለአበባ ዘር አድራጊዎች፣ ለጠቃሚ ነፍሳት እና ለሌሎች ኢላማ ላልሆኑ ህዋሳት ዝቅተኛ አጣዳፊ መርዛማነት ያሳያል፣ እና በመለያው መመሪያ መሰረት ጥቅም ላይ ሲውል ለሌሎች ፀረ-ተባይ መድኃኒቶች የመቋቋም ግፊትን ሊቀንስ ይችላል።16፣17፣18ናን እና ኢያቭ በነፍሳት ዝርያዎች በስፋት የተከፋፈሉ ሲሆኑ፣ በአንቴናዎች እና በእጆች ላይ በሚገኙት ኮርዳል ስትሪት ሪሴፕተር ነርቮች ውስጥ ብቻ የሚገለጹ ሲሆን ለመስማት፣ ለመሬት ስበት ግንዛቤ እና ለፕሮፕሪዮሴፕሽን ወሳኝ ናቸው።13፣16፣19፣20፣21፣22ኤፒ፣ ኢሚዳክሎፕሪድ እና ፒራክሎስትሮቢን የናን-አይአቭን ውስብስብ በልዩ ዘዴ ያነቃቃሉ፣ በመጨረሻም የፕሮፕሪዮሴፕቲቭ ሲግናል ትራንስዱክሽንን ይከለክላሉ።13፣16፣23እንደ አፊድ እና ነጭ ዝንቦች ባሉ የሚወጉ ነፍሳት (ሄሚፕቴራንስ) ውስጥ፣ የመራቢያ ችሎታቸውን ማጣት የአመጋገብ አቅማቸውን ያዛባል፣ በመጨረሻም ወደ ሞት ይመራል።13,24የሚገርመው ነገር፣ AP ለናን-አይቭ ውስብስብ ከፍተኛ ፍቅር እና ለናን ብቻ ዝቅተኛ ፍቅር ያሳያል። የኤፒ ከናን-አይቭ ጋር ማያያዝ የኤሌክትሪክ ፍሰትን ያስከትላል፣ ነገር ግን ከናን ጋር ማያያዝ ብቻውን የቻናል እንቅስቃሴን አያነቃቃም። ኢቫ ራሱ ከኤፒ ጋር ፈጽሞ አይጣበቅም።16ይህ የሚያሳየው ናን እና ኢያቭ የተለያዩ የናን-ኢያቭ ቻናል ውህዶችን (ለምሳሌ፣ የተለያዩ ስቶይቺዮሜትሪክ ሬሾዎች ወይም በተመሳሳይ ስቶይቺዮሜትሪክ ሬሾ ውስጥ የተለያዩ ዝግጅቶች) ለመፍጠር ሊጣመሩ ወይም ኤፒ ከብዙ ቦታዎች ጋር ሊጣመሩ እንደሚችሉ ነው። በተጨማሪም፣ ተፈጥሯዊ አግኖስቲን ኒኮቲናሚድ (NAM) ከድሮሶፊላ ናን-ኢያቭ ጋር በማይክሮሞላር አፊኒቲ ይያያዛል፣ በብልቃጥ ውስጥ ከአፊድስ (ኤፒ) ጋር ተመሳሳይ የሆኑ ውጤቶችን ያሳያል።16,25እና የዝንቦች መራባትንና መመገብን በመከልከል፣ በመጨረሻም ወደ ሞት ይመራሉ25,26. እነዚህ መረጃዎች ብዙ ጥያቄዎችን ያስነሳሉ። ለምሳሌ፣ የናን-አይቭ ሄተርዲመር እንዴት እንደሚፈጠር፣ ትናንሽ ሞለኪውሎችን ለማስተካከል የትኞቹ ማያያዣ ቦታዎች ጥቅም ላይ እንደሚውሉ እና እነዚህ ትናንሽ ሞለኪውሎች ፕሮፕሪዮሴፕሽንን በመግታት የቻናል ተግባርን እንዴት እንደሚቆጣጠሩ ግልጽ አይደለም። በተጨማሪም፣ ናን ራሱ እንቅስቃሴ-አልባ እና ለኤፒ ዝቅተኛ ፍቅር ያለውበት ምክንያት፣ ናን-አይቭ ሄተርዲመር ንቁ እና APን ከፍ ባለ ፍቅር የሚያስተሳስርበት ምክንያት ግልጽ አይደለም። በመጨረሻም፣ ስለ ናን-አይቭ ተግባር Ca2+-ጥገኛ ደንብ እና ከነርቭ ምልክት ማድረጊያ ሂደቶች ጋር እንዴት እንደሚዋሃድ ብዙም የሚታወቅ ነገር የለም።. 13,21
በዚህ ጥናት፣ ክሪዮ-ኤሌክትሮን ማይክሮስኮፒ፣ ኤሌክትሮፊዚዮሎጂ እና ራዲዮሊጋንድ ማያያዣ ቴክኒኮችን በማጣመር፣ የናን-አይአቭን ስብስብ እና ከትንሽ ሞለኪውላዊ ተቆጣጣሪዎች ጋር የመተሳሰር ዘዴን አብራርተናል። በተጨማሪም፣ ከአይአቭ እና ከኤፒ-የተረጋጉ ናን ፔንታመርስ ጋር በቋሚ ሁኔታ የተሳሰሩ ክላሞዱሊን (CaM) አግኝተናል። እነዚህ ውጤቶች በቻናሎች ውስጥ የካልሲየም አየኖች ቁጥጥር፣ የቻናል ስብሰባ እና የሊጋንድ ማያያዣ ትስስርን የሚወስኑ ምክንያቶች ላይ ጠቃሚ ግንዛቤዎችን ይሰጣሉ። ከሁሉም በላይ ደግሞ፣ ARD በእነዚህ ሂደቶች ውስጥ ማዕከላዊ ሚና እንደሚጫወት አረጋግጠናል። ከተዛማጅ የግብርና ፀረ-ተባይ መድኃኒቶች ጋር የተሳሰሩ የተሟላ የነፍሳት ቻናሎች ጥናታችን27፣ 28፣ 29የፀረ-ተባይ ኢንዱስትሪ ልማት ተስፋዎችን ይከፍታል፣ የተባይ ማጥፊያዎችን ውጤታማነት እና ልዩነት ያሻሽላል፣ እና የTRPV-ኢላማ ውህዶችን ወደ ሌሎች ዝርያዎች ለመተግበር ዓለም አቀፍ የምግብ ዋስትናን እና የቬክተር-ወለድ በሽታዎችን ስርጭት ለመፍታት ያስችላል።
ናን-አይአቭ በCa2+ ቁጥጥር የሚደረግበት መሆኑን እና የቁጥጥር ዘዴው በህጋዊ መንገድ በተያያዘ CaM የሚመራ መሆኑን ደርሰንበታል። በአስፈላጊ ሁኔታ፣ ይህ በCaM የሚመራው የNav Ca2+ ጥገኛ ደንብ ከሌሎች የአዮን ቻናሎች (ለምሳሌ፣ በቮልቴጅ የተከፈቱ Na+ ቻናሎች እና TRPV5/6 ቻናሎች) ከሚቆጣጠሩት ዘዴዎች በእጅጉ ይለያል።52,53,54,55,56,57በNav1.2 ቻናል ውስጥ፣ የCaM C-ተርሚናል ጎራ ከC-ተርሚናል ጎራ (CTD) ጋር በቅርበት የተቆራኘ ሲሆን፣ Ca2+ ደግሞ የN-ተርሚናል ጎራውን ከCTD ሩቅ ክፍል ጋር እንዲያስሩ ያደርጋል።56በTRPV5/6 ቻናል ውስጥ፣ የCaM C-ተርሚናል ጎራ ከCTH ጋር ይያያዛል፣ እና Ca2+ የN-ተርሚናል ጎራውን ወደ ቀዳዳው ውስጥ ወደ ላይ ማራዘምን ያስከትላል፣ በዚህም የካሽን መተላለፊያን ያግዳል።53,54. የናን-አይአቭ-ካኤም የCa2+-ተቆጣጣሪ ተግባር ሞዴል እናቀርባለን (ምስል 4h)። በዚህ ሞዴል፣ የCaM N-ተርሚናል ጎራ በተከታታይ ከIav C-ተርሚናል ጎራ (CTH) ጋር ይያያዛል። በእረፍት ሁኔታ (ዝቅተኛ [Ca2+] ክምችት)፣ የCaM C-ተርሚናል ጎራ ከናን ጋር ይገናኛል፣ የARD ቅርፅን ያረጋጋል እና በዚህም የቻናል መከፈትን ያበረታታል። አግኖስቲን/ፀረ-ተባይ ማጥፊያ ከቻናሉ ጋር ማሰር የቀዳዳ ክፍተትን ያስከትላል፣ ይህም ወደ Ca2+ ፍሰት ይመራል። ከዚያም Ca2+ ከCaM ጋር ይያያዛል፣ ይህም የናን ARD የC-ተርሚናል ጎራ መበታተን ያስከትላል። የCaM ትስስርን ማገድ በመሠረቱ የCa2+ መከላከያ ውጤትን ስለሚያስወግድ፣ ይህ መበታተን የARD ተንቀሳቃሽነትን ያስተካክላል፣ በዚህም Ca2+-ጥገኛ መከልከል ወይም ዲሴንሲቴሽን ያስከትላል። የካልሲየም ion መውጣት ከተከሰተ በኋላ የቻናል ሞገዶች ፈጣን ማገገም (ምስል 4g) ይህ ዘዴ ለCa2+-መካከለኛ የነርቭ ምልክቶች ፈጣን ምላሾችን ያመቻቻል ማለት ነው። በተጨማሪም፣ በደንብ ያልተረዳው የIav የሲ-ተርሚናል ክልል፣ በቻናል ኢላማ እና በአሁኑ ደንብ ውስጥ ሌሎች ሚናዎችን እንደሚጫወት ተዘግቧል።21
በመጨረሻም፣ ጥናታችን ከፍተኛ ጥራት ያለው የግብርና ጠቀሜታ ያለው የፀረ-ተባይ-ተባይ ማጥፊያ የTRP ቻናል ውስብስብ መዋቅር ያቀርባል - ይህ ቀደም ሲል ለእኛ የማናውቀው ግኝት ነው። በተለይም፣ በነፍሳት ሴሎች ውስጥ ሳይሆን በሰው ሴሎች (HEK293S GnTi–) ውስጥ የነፍሳት ቻናል አወቃቀር እና ተግባርን ለይተናል። እየጨመረ በሚሄደው የፀረ-ተባይ መቋቋም እና በምግብ ዋስትና እና በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ላይ ቀጣይነት ያለው ጫና በሚፈጠርበት ጊዜ፣ ስራችን ለሰው ልጅ ጤና እና ለአለም አቀፍ የምግብ ዋስትና ጥቅም ሲባል አዳዲስ ፀረ-ተባይ መድኃኒቶችን ለማልማት የሚያመቻች ጠቃሚ መረጃ ይሰጣል። ጥናቶች እንደሚያሳዩት እንደ AP ያሉ ፀረ-ተባይ መድኃኒቶች በመለያ መመሪያው መሠረት ጥቅም ላይ ሲውሉ በአንዳንድ ተባዮች ላይ ውጤታማ ናቸው እና ለጠቃሚ የአበባ ዘር ማሰራጫዎች ዝቅተኛ አጣዳፊ መርዛማነት አላቸው፣ ይህም የአካባቢ ደህንነታቸውን ያሳያል።13,16በተጨማሪም፣ ትንኞች ላይ የተወሰኑ የኤፒ ተዋጽኦዎችን መፈተሽ በመጨረሻ የመብረር ችሎታቸውን እንደሚያጡ አሳይቷል። እነዚህ የሚለዋወጡ ውህዶች ከናን-አይአቭ ጋር እንዴት እንደሚጣበቁ መረዳት አሁን ያሉትን ውህዶች ለማሻሻል ወይም አዳዲስ ውህዶችን ለማዳበር የበለጠ ውጤታማ እና ውጤታማ ለማድረግ ይረዳል።ትክክለኛየተባይ መቆጣጠሪያ። ጥናታችን እንደሚያሳየው የናን-አይአቭ ኤአርዲ በይነገጽ የኢንዶጅናል ውህዶችን፣ ፀረ-ተባይ መድኃኒቶችን እና የCa2+-CaMን እንቅስቃሴ ለመቆጣጠር ብቻ ሳይሆን ለቻናል ስብሰባም ወሳኝ ነው። የሄትሮዲመር ስብሰባን ከትናንሽ ሞለኪውሎች ጋር ማስተጓጎል የአዮን ቻናል አጋቾችን ለማዘጋጀት ልዩ እና ተስፋ ሰጪ አካሄድ ሊሆን እንደሚችል እንጠቁማለን።
ከስምንቱ ኦርቶሎጎስ ጂኖች ውስጥ፣ ቡናማ ጥንዚዛ (Halyomorpha halys) ናንቹንግ እና ኢናክቲቭ ሙሉ ርዝመት ያላቸው ጂኖች ተመርጠዋል፣ ይህም በሳሙናዎች ውስጥ በጣም ጥሩ መረጋጋት አሳይቷል። የተቀናጁ ጂኖች ለሰው አገላለጽ በኮዶን የተመቻቹ እና XhoI እና EcoRI ገደብ ጣቢያዎችን በመጠቀም ወደ pBacMam pCMV-DEST ቬክተር (Life Technologies) ክሎኒንግ ተደርገዋል። ይህም ክሎኖቹ በC-terminal GFP-FLAG-10xHis እና mCherry-FLAG-10xHis መለያዎች ፍሬም ውስጥ እንዲቆዩ አረጋግጧል፣ እነዚህም በHRC-3C ፕሮቴዝ (PPX) የተከፈሉ ሲሆን ይህም ገለልተኛነትን ያስችላል።አገላለጽናንቹንግን እና ኢናክቲቭን ወደ pBacMam ቬክተር ለመቅዳት የሚያገለግሉት ፕሪመሮች እንደሚከተለው ነበሩ፡
የግለሰብ ቅንጣቶች ማይክሮስኮፒክ ምስሎች የተገኙት በቲታን ክሪዮስ ጂ2 ማስተላለፊያ ኤሌክትሮን ማይክሮስኮፕ (FEI) ላይ ሲሆን የK3 ካሜራ እና የጋታን ባዮኳንተም የኢነርጂ ማጣሪያ አለው። ማይክሮስኮፑ በ300 keV የሚሰራ ሲሆን 20 eV የኃይል ቅንብር፣ 1.08 Å/ፒክስል የናሙና ፒክስል መጠን (81,000x ስመ ማጉላት) እና ከ -0.8 እስከ -2.2 μm የሚደርስ ዲፎከስ ግራዲየንት አለው። የቪዲዮ ቀረጻ የተከናወነው በሰከንድ 40 ፍሬሞች ላይ 25 e–px−1 s−1 ስመ መጠን፣ 2.4 ሰከንድ የተጋላጭነት ጊዜ እና በአጠቃላይ 60 e–Å−2 መጠን በመጠቀም ነው።
በ RELION 4.061 ውስጥ MotionCor2 ን በመጠቀም በፊልም ላይ በሞሽን ኮር2 በመጠቀም በሞሽን ኮር2 ተካሂዷል። የንፅፅር ማስተላለፊያ ተግባር (CTF) መለኪያ ግምት በክሪዮስፓርክ ውስጥ በፔች-ተኮር CTF ግምት ዘዴ 62 በመጠቀም ተካሂዷል። የ CTF ተስማሚ ጥራት ≥4 Å ያላቸው የፎቶ ማይክሮግራፎች ከቀጣይ ትንተና ተገልለዋል። በተለምዶ፣ በክሪዮስፓርክ ውስጥ የነጥብ ምርጫ ለማድረግ ከ500-1000 የፎቶ ማይክሮግራፎች ንዑስ ስብስብ ጥቅም ላይ ውሏል፣ ከዚያም በአብነት ላይ የተመሰረተ ቅንጣት ምርጫ ግልጽ የሆነ የማጣቀሻ ምስል ለማግኘት ከተጣራ በኋላ በርካታ የ2D ምደባ ዙሮች ተወስደዋል። ከዚያም ቅንጣቶች በ64-ፒክስል ማሰሪያ ሳጥኖች እና በ4-እጥፍ ቢኒንግ በመጠቀም ተወስደዋል። የማይፈለጉ የቅንጣት ምድቦችን ለማስወገድ በርካታ የ2D ምደባ ዙሮች ተከናውነዋል። የመጀመሪያው 3D ሞዴል ab initio reconstruction በመጠቀም እንደገና ተገንብቶ በክሪዮስፓርክ ውስጥ ያልተስተካከለ ማሻሻያ በመጠቀም ተጣራ። 3D ምደባ በ ARD ልዩነት ላይ በመመስረት በክሪዮስፓርክ ወይም በRELION ውስጥ ተካሂዷል። የሜምብሬን ጎራዎች ጉልህ የሆነ ልዩነት አልታየም። ቅንጣቶች በC1 እና C2 ዘዴዎች ተጠርገዋል፤ ከፍተኛ የC2 ጥራት ያላቸው ቅንጣቶች ከC2 አንፃር ሲሜትሪክ እንደሆኑ ተቆጥረው ለቤይሲያን ማሻሻያ ወደ RELION ገብተዋል። ከዚያም ቅንጣቶቹ ለመጨረሻው ወጥ ያልሆነ እና ለአካባቢያዊ ማሻሻያ ወደ ክሪዮስፓርክ ተመልሰዋል፤ የመጨረሻው ጥራት እና የቅንጣት ብዛት በሰንጠረዥ 1 ውስጥ ይታያል።
የናን+ኤፒ ፔንታመርን ስናስኬድ፣ እንደ ምልክት መቀነስ እና የቲኤምዲ ጭምብል ያሉ የሜምብሬን ጎራዎች (በተለይም የቀዳዳ ክልል) ጥራት ለማሻሻል የተለያዩ ዘዴዎችን ዳስሰናል። ሆኖም፣ እነዚህ ሙከራዎች በቀዳዳ ክልል ውስጥ ሊኖር በሚችል ከፍተኛ ችግር እና የቲኤምዲ አጠቃላይ ልዩነት ምክንያት አልተሳኩም። የመጨረሻው ጥራት የተሰላው በዋናነት የኤአርዲ ክልልን በማነጣጠር በክሪዮስፓርክ ውስጥ ባለው ወጥ ያልሆነ የማቀነባበሪያ ዘዴ በራስ-ሰር የተፈጠረ ጭምብል በመጠቀም ነው። ይህም ከሜምብሬን ጎራዎች (በተለይም የቪኤስኤልዲ ክልል) በእጅጉ የላቀ ጥራት አስመዝግቧል።
የናንቹንግ እና ንቁ ያልሆኑ ሳንካዎች የመጀመሪያ የዴ ኖቮ ሞዴሎች ለመጀመሪያ ጊዜ የተፈጠሩት በCoot63 በመጠቀም ሲሆን የናን እና የአይአቭ ሳንካዎች ሞዴሎች ዝቅተኛ በራስ መተማመን ያላቸውን ክልሎች ለመለየት AlphaFold264ን በመጠቀም ተፈጥረዋል። የካልሞዱሊን ሞዴሊንግ የተመሰረተው በቅደም ተከተል በPDB accessions 4JPZ56 እና 1CFD65 ውስጥ ባሉ Ca2+-binding እና Ca2+-free ሞዴሎች ግትር የሰውነት መገጣጠሚያ ላይ ነው። ሞዴሎቹ ትክክለኛውን ስቴሪዮኬሚስትሪ እና ጥሩ ጂኦሜትሪ ለማረጋገጥ ክብ ቅርጽ ባለው ማሻሻያ ተጠርገዋል። ከዚያም ፎስፋቲልኮሊን፣ ፎስፋቲልኤታኖላሚን እና ፎስፋቲልሰሪን በጥሩ ሁኔታ እንደተገለጸ የሊፒድ ጥግግት ተቀርፀዋል፣ እና NAM እና AP ሊጋንድ በጥብቅ መጋጠሚያዎች ውስጥ በተዛማጅ ጥግግቶች ውስጥ ተቀምጠዋል። የገደብ ፋይሎች ከኢሶፎርሞች SMILES ሕብረቁምፊ በPHENIX66 ውስጥ eLBOW በመጠቀም ተፈጥረዋል። በመጨረሻም፣ ሞዴሎቹ በPHENIX ውስጥ በአካባቢው ፍርግርግ ፍለጋ እና በሁለተኛ ደረጃ መዋቅር ገደቦች ዓለም አቀፍ ቅነሳን በመጠቀም በእውነተኛ ቦታ ተጠርገዋል። የሞልፕሮቢቲ አገልጋይ ለሞዴል ማሻሻያ እና መዋቅራዊ ትንተና ጥቅም ላይ ውሏል፣ እና ምሳሌዎች የተከናወኑት በPyMOL እና UCSF Chimera X በመጠቀም ነው። 67,68,69 የአፐርቸር ትንተና የተከናወነው በHOLE ሰርቨር፣70 ሲሆን የቅደም ተከተል ጥበቃ ካርታ ስራ የተከናወነው በConsurf ሰርቨር ነው።71
የስታቲስቲክስ ትንተና የተካሄደው Igor Pro 6.2፣ Excel Office 365 እና GraphPad Prism 7.0 በመጠቀም ነው። ሁሉም የቁጥር መረጃዎች እንደ አማካኝ ± መደበኛ ስህተት (SEM) ቀርበዋል። የተማሪው የቲ-ሙከራ (ሁለት-ጅራት ያለው፣ ያልተጣመረ) ሁለት ቡድኖችን ለማነፃፀር ጥቅም ላይ ውሏል። የልዩነት አንድ-መንገድ ትንተና (ANOVA) እና የዱኔት የድህረ-ሆክ ፈተና በርካታ ቡድኖችን ለማነፃፀር ጥቅም ላይ ውሏል። *P< 0.05፣ **ፒ< 0.01፣ እና ***ፒ< 0.001 በመረጃ ስርጭት ላይ በመመስረት በስታቲስቲክስ ጉልህ እንደሆኑ ተቆጥረዋል። የKd፣ የKi እሴቶች እና ያልተመጣጠነ የ95% የመተማመን ክፍተቶች በ GraphPad Prism 10 በመጠቀም ተሰልተዋል።
ስለ ጥናቱ ዘዴ ተጨማሪ ዝርዝሮችን ለማግኘት፣ እባክዎን በዚህ ጽሑፍ ውስጥ የተገናኘውን የተፈጥሮ ፖርትፎሊዮ ሪፖርት ማጠቃለያ ይመልከቱ።
የመጀመሪያው ሞዴል የተገነባው ከ PDB 4JPZ እና 1CFD የውሂብ ጎታዎች የተገኙትን የcalmodulin ሞዴሎች በመጠቀም ነው። መጋጠሚያዎቹ በፕሮቲን ዳታ ባንክ (PDB) ውስጥ በ 9NVN (ሊጋንድ የሌለው ናን-አይአቭ-ካኤም)፣ 9NVO (ናን-አይአቭ-ካኤም ከኒኮቲናሚድ ጋር የተሳሰረ)፣ 9NVP (ናን-አይአቭ-ካኤም ከኒኮቲናሚድ እና EDTA ጋር የተሳሰረ)፣ 9NVQ (ናን-አይአቭ-ካኤም ከአፌኒዶልፒሮሊን እና ካልሲየም ጋር የተሳሰረ)፣ 9NVR (ናን-አይአቭ-ካኤም ከአፌኒዶልፒሮሊን እና EDTA ጋር የተሳሰረ)፣ እና 9NVS (ናን ፔንታመር ከአፌኒዶልፒሮሊን ጋር የተሳሰረ) ስር ተቀምጠዋል። ተዛማጅ ክሪዮ-ኤሌክትሮን ማይክሮስኮፒ ምስሎች በኤሌክትሮን ማይክሮስኮፒ ዳታቤዝ (EMDB) ውስጥ በሚከተሉት የአክሽን ቁጥሮች ተቀምጠዋል፡ EMD-49844 (ሊጋንድ የሌለው ናን-አይቭ-ካኤም)፣ EMD-49845 (ናን-አይቭ-ካኤም ውስብስብ ከኒኮቲናሚድ ጋር)፣ EMD-49846 (ናን-አይቭ-ካኤም ውስብስብ ከኒኮቲናሚድ እና EDTA ጋር)፣ EMD-49847 (ናን-አይቭ-ካኤም ውስብስብ ከአፊዶፒሮሊን እና ካልሲየም ጋር)፣ EMD-49848 (ናን-አይቭ-ካኤም ውስብስብ ከአፊዶፒሮሊን እና EDTA ጋር)፣ እና EMD-49849 (ናን-ፒንታመር ውስብስብ ከአፊዶፒሮሊን ጋር)። ለተግባራዊ ትንተና ጥሬ መረጃ በዚህ ጽሑፍ ውስጥ ቀርቧል።
የልጥፍ ሰዓት፡- ጥር-28-2026